一單化學武器交易,引來恐怖組織瓦干布的覬覦,進而演變為劇院挾持人質事件。正值休假的飛虎隊員張嘉軒(黃宗澤飾)、高子樂(吳卓羲飾)、余曉欣(蔡思貝飾)被牽連其中,與O記警探何家寶(陳瀅飾)一起被困現場。飛虎隊總指揮范少鋒(陳豪飾)臨危受命,在支援組組長張偉樺(張兆輝飾)的協助下,率飛虎隊與恐怖分子鬥智鬥勇。最終裡應外合,成功解除危機。然而,化學武器賣家身份成迷,恐怖分子仍在暗處蠢蠢欲動,香港面臨有史以來最大的安全危機。飛虎隊在營救一宗綁架案人質時誤墮陷阱,死傷慘重。前飛虎隊成員展博文(馬德鐘飾) 受命擔任新總指揮,並挑選飛虎及警隊各部門精英,組織特別小組S Team。面對重重危機,S Team 與國際刑警許俊飛(苗僑偉飾)一同聯手,極力阻止生化武器病毒在香港蔓延。