Một vụ mua bán vũ khí hóa học, dẫn đến sự dòm ngó của tổ chức khủng bố Ngõa Cán Bố, từ đó diễn biến thành một vụ bắt cóc trong nhà hát. Trương Gia Hiên (Huỳnh Tông Trạch), Cao Tử Lạc (Ngô Trác Hy), Dư Hiểu Hân (Thái Tư Bối) – là những đội viên đội Phi Hổ lúc đó đang nghỉ phép bị dính líu vào vụ án, cùng với Hà Gia Bảo (Trần Huỳnh) – cảnh sát O Ký đều bị giữ lại tại hiện trường. Tổng chỉ huy đội Phi Hổ Phạm Thiếu Phong (Trần Hào) được lệnh trong lúc nguy cấp; dưới sự hỗ trợ của tổ trưởng tổ chi viện Trương Vĩ Hoa (Trương Triệu Huy), đội Phi Hổ mở ra một cuộc chiến đọ sức và đấu trívới các phần tử khủng bố, cuối cùng với sự tiếp ứng và hợp sức cả từ bên trong lẫn phía ngoài, mối nguy cơ đã được giải trừ thành công. Thế nhưng thân phận của kẻ bán vũ khí hóa học vẫn chưa bị vạch mặt, bọn khủng bố vẫn âm thầm rục rịch; đất Hồng Kong bị lâm vào cục diện nguy hiểm lớn nhất từ trước đến nay. Đội Phi Hổ trong lúc giải cứu con tin trong một vụ bắt cóc đã bị sập bẫy, và thương vong rất lớn. Thành viên cũ trong đội Phi Hổ Triển Bác Văn (Mã Đức Chung) được lệnh gánh vác trách nhiệm tổng chỉ huy mới của đội, chọn lọc những tinh anh trong đội Phi Hổ và đội cảnh sát, thành lập một đội nhỏ S Team. Đối mặt với nguy cơ trùng trùng, S Team và cảnh sát hình sự quốc tế Hứa Tuấn Phi (Miêu Kiều Vĩ) cùng hợp tác với nhau, cực lực ngăn chặn sự lây lan con vi-rút của vũ khí hóa học tại Hồng Kong.